财政收入已经成为影响医改前进的制约因素。1月21日，国务院医改办公室副主任、国家发改委副主任朱之鑫正式确认，此前医改文件中规定的2009年“各省(区、市)30%基层公立医院实施基本药物制度”的目标已经被推迟到2010年的2月份。而导致这一目标推迟实现的主要原因，是因为在取消药品价格加成制度之后，用于补偿基层医疗机构的资金需求超出了财政部门的承担能力。
财政部正在酝酿，由财政部门单一补偿改为财政部门和医保基金等多头补偿，并在全国各地推广安徽、天津和湖南等地的经验。
资金捉襟见肘
建立国家基本药物制度，是中国2009年到2011年医改工作的5大目标之一，旨在缓解“看病贵”的问题。而基本药物制度的改革内容之一，就是取消药品销售的加成、实现基本药物零差率销售，基层医疗机构由此减少的收入由政府对其经常性收支差额予以补助。
财政部在此前调研中发现，在基层医疗卫生机构实施基本药物制度十分复杂，地方操作时遇到了很大的困难。而在财政部近期举办的一次全国市县级财政部门医改政策培训班上，不少地方的财政官员反映，集成医疗卫生机构取消药品加成后减少的收入仅由财政一家补偿，财力无法承受。
根据国务院公布由财政部等部门测算的数据，从2009年到2011年三年间政府将新增投入8500亿元用于医改五项重点改革，其中中央承担40%，地方承担60%。而从2009年开始，由于全球金融危机的影响，全国财政收入的增幅从2008年的19.5%降至2009年的11.7%，而地方政府面临4万亿配套等资金需求，地方财政更是捉襟见肘。
而在医改过程中，基层医疗机构实施医改后的收支差额将主要由地方政府承担，中央财政只是对实施基本药物零差率销售和绩效工资动手早开展好的地区给予适当的奖励。
天津经验进入决策层视野
财政部一位高层官员在一次内部讨论会上表示，如何对基层医疗卫生机构取消药品加成减少的收入进行补偿，将决定基层医疗卫生机构是否有足够的积极性推进改革，也决定了改革之后基层医疗卫生机构能否持续正常运行和发展。
而天津、扬州、镇江等地的“多头补偿”的经验进入决策层的视野。在上述会议上，天津财政官员介绍了其多头补偿的主要内容：首先，去掉黑色收入，将基层医疗卫生机构原来药品收入中不合法不合规的部分剔除。其次，消化部分灰色收入，通过降低运行成本，以及实施绩效工资来消化。第三，合理调整医疗服务价格和核定财政补助。“但是，在目前看病难看病贵的大环境下，在全国范围内大幅度提高医疗服务价格有不小的难度。”上述官员表示。
因而，最重要的是通过医保基金直接补偿：在新农合和居民医保等医保基金按现行医疗服务价格补偿服务成本的基础上，天津等地还对基层医疗卫生机构因取消药品加成减少的收入给予直接补偿。
根据天津的经验，目前天津基层医疗机构已经实现零差率，医院取消药品加成减少15%的收入，6%由地方财政支出，剩下的9%由医保基金负担。财政部高层认为，此种做法合情合理，取消药品加成，患者的医疗费用开销就会降低，实际上大大减少了各项医保基金的支出，增加了基金结余;同时从2010年开始，新农合居民医保等筹资标准将大幅提高，为通过医保基金直接补偿提供了难得机遇。
