12号线：联系蛇口自贸区、南山中心区、宝安中心、航空城、大空港地区，覆盖西部发展轴的轨道线路。线路起于蛇口左炮台，经太子湾、海上世界、南山中心区、宝安中心区、机场东、大空港等片区，终点设在国际会展中心，预留进一步北延条件。线路全长约36.9公里，设站27座，地下敷设。
13号线：联系后海、科技园、留仙洞总部基地、石岩、公明、光明等地的轨道快线。线路起于深圳湾口岸，经后海中心、科技园、西丽火车站、留仙洞总部基地、石岩、光明凤凰城、公明等片区，终点设在公明北。预留向北延伸衔接东莞的条件。线路全长约40.9公里，设站22座，地下敷设。
14号线：联系福田中心区、大运新城、龙岗中心区、坪山新城中心区的轨道快线。主线路起于福田中心区，沿深南大道、华富路、泥岗路、宝岗路、红棉路等道路敷设，在坳背附近分叉形成“Y”型线路，其中，坪山方向支线沿宝荷路、中山大道、深汕公路等道路敷设至深惠边界后进入惠州境内，线路沿深汕公路、白云一路、爱民路敷设至终点惠州南站;龙岗方向支线，沿黄阁路、清林路、龙翔大道敷设至3号线新生站，预留延伸至坪地的条件。线路主线长约23.7公里，设站8座;坪山(惠阳)支线长约38公里，设站10座，其中惠州境内长约9.1公里，设站3座;龙岗支线长约13.5公里，设站4座。深圳境内合计线路长约66.1公里，地下敷设。
15号线：联系南山科技园、宝安中心、前海等重要片区，支撑西部发展。线路起于宝安区海城路，经西乡、宝安中心、西丽火车站、科技园、南山中心等片区，终点设在前海妈湾片区，预留经大铲岛连接成环的条件。线路全长约27.1公里，设站19座，地下敷设。
16号线：联系大运新城、龙岗中心城、坪山站及坪山新区等地区，是东部组团内部的轨道线路。线路由大运站引出，沿龙岗大道、黄阁路、龙平路敷设，经龙岗老中心后沿深汕公路往南至坪山站，经坪山中心区后沿东纵路、金田路敷设至终点田头。线路全长约27.6公里，设站23座，地下敷设。
20号线：联系宝安国际机场、国际会展中心、国际会议中心等片区的轨道线路，线路起于宝安国际机场T4航站楼，经国际会展中心、国际会议中心后进入半岛片区，预留与东莞R2线衔接条件。线路全长约12公里，设站6座，地下敷设。
