澎湖
澎湖的马公机场位于马公本岛的东面，是一个国际机场。目前台湾本岛与澎湖间开通了台北、嘉义、台中、高雄、台南的往返航线，每天均有航班，交通十分便利。此外，澎湖与金门间亦开通了航线，每周三班往返，为岛屿串玩的旅行者提供了便利，这是金澎间唯一的直达交通，也是持有“离岛入台证”的海西地区居民前往澎湖游览最可行的方式。此外，厦门、武汉、长沙、青岛均开通了直飞马公的包机，但每个月只有3-4班，均固定时间，具体时刻表查询马公航空站，确认日期后可能可以在大陆的正常订票网站购买。但最方便的形式仍然是先到台湾本岛，再转机马公。
租车旅游
若是期望在短时间内游玩到最多的地方，包车是一个不错的选择。例如西屿的许多地方公车无法抵达，景点分散，骑机车耗时太长，此时包车是最好的选择。在马公市区的出租车均提供此项服务，一般包车一天2000元新台币左右，司机可提供沿途讲解服务，若四人出行，选择包车应是最实惠的方案。
乘船旅游
马公本岛与北海、南海诸岛的交通主要靠轮渡。北海系统包括吉贝屿、鸟屿、员贝屿等，由赤坎码头可搭乘游艇至吉贝屿，旺季时一天3至4船班，来回250元新台币/人。至东海的鸟屿、员贝屿等则由岐头码头发出，可至岐头码头直接购票或是加入游艇业者的套装行程，套装行程一般将临近的几个岛屿串联起来一起玩。
目前仅开放台东至绿岛往返的航班，每天约3-5班(视淡旺季而定)。飞机由德安航空执飞，为19人座螺旋桨超小型飞机，由于开放预订座位较少，建议至少提前一周预订。若是害怕海浪颠簸，在预算充裕的情况下，可以考虑体验一下离岛19人座的超小型飞机，会给你未有过的惊喜与新奇。票价约1028元新台币，飞行时间15分钟。
骑机车观光
离岛最最普遍、最最方便、最最经济，也是最最“拉轰”的交通工具就是机车啦。但租借台湾的机车都需要机车驾照，所以绝大部分大陆同胞就没有办法体会到这项活动的乐趣了。但如果有国际驾照，有些老板也会同意出租，多跑几家试试。绿岛南寮渔港码头出来有很多家机车出租行，每辆价格在300-500元新台币/天不等。
此外，在旅游旺季(4月至9月)会开放绿岛至兰屿的航线，方便游客一次游玩绿岛、兰屿，不走回头路。票价：全票单程920元新台币，往返1840元新台币;半票单程460元新台币，往返920元新台币。船票预订及时刻表查询方式上同。
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