医院于2017年获得肝脏、肾脏器官移植“牌照”，2018年成为第二批广东省高水平医院建设单位;2019年5月获批国家感染性疾病临床医学研究中心(深圳市唯一、广东省第三家)，2020年成为中国医学科学院深圳传染性疾病诊疗研究中心。在中国医院科技量值医院五年综合ASTEM排名中位列全国第80位(广东省内第10位)，是深圳唯一进入前100名的单位。在2021年度医院综合STEM排行榜中排名全国第76，为广东省第10位，深圳市第1位;结核病学排名全国第5，传染病学排名全国7，双双拿下全省第1;呼吸病学排名第24位，消化病学排名第46位，护理学排名第60位，科研实力较2020年度明显增强。在2021年发布的《2020年度中国医院排行榜》，我院首次进入全国百强医院榜单，这也是深圳首家医院进入复旦版中国百强医院;结核病学科结核病专科进入复旦版《中国医院专科综合排行榜》第四名。

深圳市第三人民医院借助深圳市“先行先试”的体制机制优势与创新环境，结合市委市政府的战略部署，在市卫生健康委的正确领导下，坚持大湾区所需、医院所为，以推动医院高质量发展为主题，完善医院学科建设为主线，创新医疗服务技术为根本动力，不断赋予医院改革与发展的新内涵、新元素，推动并形成了以“国家感染性疾病临床医学研究中心”与“高水平医院”建设为核心，国家感染病临床重点专科与器官移植学科建设为两翼，新发传染病及疑难感染病、结核病、肝病、艾滋病为支柱，八个综合性特色专科为支撑的“一体两翼，四梁八柱”的“冲一流、补短板、强特色”的研究医院发展战略，探索构建了“平疫结合”的“基础研究+临床实践+成果转化+创新发展”的“四轮驱动”发展模式。