医院于2017年获得肝脏、肾脏器官移植“牌照”，2018年成为第二批广东省高水平医院建设单位;2019年5月获批国家感染性疾病临床医学研究中心(深圳市唯一、广东省第三家)，2020年成为中国医学科学院深圳传染性疾病诊疗研究中心。在中国医院科技量值医院五年综合ASTEM排名中位列全国第80位(广东省内第10位)，是深圳唯一进入前100名的单位。在2021年度医院综合STEM排行榜中排名全国第76，为广东省第10位，深圳市第1位;结核病学排名全国第5，传染病学排名全国7，双双拿下全省第1;呼吸病学排名第24位，消化病学排名第46位，护理学排名第60位，科研实力较2020年度明显增强。在2021年发布的《2020年度中国医院排行榜》，我院首次进入全国百强医院榜单，这也是深圳首家医院进入复旦版中国百强医院;结核病学科结核病专科进入复旦版《中国医院专科综合排行榜》第四名。

深圳市第三人民医院借助深圳市“先行先试”的体制机制优势与创新环境，结合市委市政府的战略部署，在市卫生健康委的正确领导下，坚持大湾区所需、医院所为，以推动医院高质量发展为主题，完善医院学科建设为主线，创新医疗服务技术为根本动力，不断赋予医院改革与发展的新内涵、新元素，推动并形成了以“国家感染性疾病临床医学研究中心”与“高水平医院”建设为核心，国家感染病临床重点专科与器官移植学科建设为两翼，新发传染病及疑难感染病、结核病、肝病、艾滋病为支柱，八个综合性特色专科为支撑的“一体两翼，四梁八柱”的“冲一流、补短板、强特色”的研究医院发展战略，探索构建了“平疫结合”的“基础研究+临床实践+成果转化+创新发展”的“四轮驱动”发展模式。

医院占地面积19.84万平方米，现有建筑面积21.1万平方米，编制床位2416张(含应急院区负压病床1008张)。现有员工1954人，其中中高级职称1139人，博士(后)146人，硕士525人，研究生导师67人，先后自主培养了两位深圳市卫生系统国家自然科学基金杰出青年基金学者。