第一次走香港口岸的时候，不用像过去那样去单独的地方排队办理E通道，而是直接在人工的柜台直接过关，就等于在香港办理了E通道，所以，没有特别的时间限制(按照关口的开放时间即可)，以前是单独的地方排队，还有规定的工作时间限制，现在只有口岸开放的时间内，第一次持新卡过关都没问题。
返回的时候，在香港关口就可以走直接E通道了。第一次在香港关口使用E通道时，同样须将新版通行证插入E通道前方的阅读器，注意也是通行证照片的一面朝下面，当阅读过程完成后，你便可进入E通道。进入E通道后，请把已登记的手指(左右手均可)平放于指纹扫描仪上。注意，以前香港只能按食指，现在跟大陆关口一样，按拇指也行。即使是新版的电子通行证，内地游客还是不能走香港居民的E通道。
但是，由于持电子通行证的人越来越多，但是香港E通道并未增加，高峰时间走香港E通道的游客也非常多，加上很多人不熟悉使用E通道，有时候反而不如人工柜台办理快，这是我亲身体验过的，高峰的时候，我直接持电子通行证在人工柜台过关。过E通道的时候，如果操作出现故障，或者多次操作失败，可以询问后面排队的游客，万一不行，直接呼叫出入境的工作人员提供帮助。新版的通行证去澳门尚未测试，理论上应该与香港相差无几。
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