宝顶沟自然保护区地处茂县东北部，地理位置介于东经103 40′~104 10′，北纬31 39′~32 10′之间。南北长60余公里，东西最宽处45公里。北与松潘县为邻，东与北川县分界，南与安县和绵竹接壤，西以岷江干流河谷坡为界。保护区总面积884平方公里。该保护区位于四川盆地向青藏高原过渡的龙门山脉北段和岷山山脉南段交汇地带，是西南生物多样性保护的热点地区之一。宝顶沟自然保护区地质构造复杂。地势中北部高，东南部低。保护区最高海拔4769.3米，最低海拔900米。受构造格局的影响，中南部山岭呈南北走向，岭谷相间排列，形成“小横断山”。
生物资源
宝顶沟自然保护区地处我国9个陆地类生物多样性保护关键区域中的岷山——横断山(川西北)区域。由于受第四纪冰川影响小，生物种群汇集，生物多样性十分丰富。
植物资源
据调查和资料统计，该保护区有各种植物2419种。其中：地衣和蕈菌164种，苔藓植物86种，蕨类植物140种，种子植物2029种。分布有多类经济价植较高和极具发展前途的资源植物。如药用植物(红景天、缬草、红豆杉等)、木材纤维植物、禾本科高大草本植物、芳香油类植物、单宁类植物、淀粉和糖类植物、观赏类植物。
根据1999年8月发布实施的保护植物名录，保护区共有受保护的珍稀濒危植物17种，其中属于国家Ⅰ级保护植物有5种，即珙桐、银杏、红豆杉、南方红豆杉、独叶草。Ⅱ级保护植物有12种，即连香树、水青树、八角莲、岷江柏木等。这些保护植物共占全国保护植物的6.18%。
动物资源
保护区地处东洋区和古北区类群交汇地带，区内动物资源丰富。哺乳动物有90种，分别隶属于7目26科64属。区内已知有兽类共27种。占分布于四川的特有兽类的47.37%，主要有大熊猫、金丝猴、牛羚、岩羊、苏门羚等。珍稀、濒危兽类近40种。主要有金丝猴、大熊猫、小熊猫等。
保护区内分布有211种和亚种的鸟类。分隶于14目42科127属。分布于保护区内的我国特产鸟类计有30种。占保护区鸟类种数的14.22%。主要有斑尾榛鸡、血雉等。区内分布有40多种珍稀、濒危和特有鸟类。主要有斑尾榛鸡、雉鸡、金雕等。有爬行动物25种，分隶属于1目1科21属。分布在中、低山区主要有草绿龙蜥、蹼趾壁虎、蓝尾石龙子、蝘蜓、紫灰锦蛇;高山区主要有北草蜥、山烙铁头和菜花烙铁头等。其中珍稀爬行类中有11种。如丽纹龙蜥、峨眉地蜥等。
区内有两栖类29种。分隶于2目7科14属29种。其中有许多是珍稀种或特有种。如大鲵(娃娃鱼)、细痣疣螈、沙坪角蟾、高原林蛙等。
保护区有鱼类、濒危鱼类10多种。主要有虎嘉鱼、多带高原鳅、中华裂腹鱼、松潘裸鲤等。
