2018年9月17日，深圳市规土委发布《深圳市人民政府关于农村城市化历史遗留产业类和公共配套类违法建筑的处理办法》(以下简称《办法》)。《办法》自2018年10月10日起施行。
两类历史违建可申请为商品性质房地产
《办法》第四十条指出，符合以下两项条件的历史违建，可以直接申请为商品性质房地产，也可以在国有建设用地使用权及房屋所有权首次登记办理为非商品性质房地产后，按照本市有关规定申请转为商品性质：
其一，原农村集体经济组织或者其继受单位所建产业类历史违建，位于原农村非农建设用地红线内或者以非农建设用地、征地返还用地指标扣减处理的，按照申请办理为商品性质时的市政府有关非农建设用地和征地返还用地土地使用权交易的有关规定补缴地价。
其二，上述情形之外的生产经营性历史违建，按照申请办理为商品性质时市场评估地价的50%补缴地价;商业、办公类历史违建，按照申请办理为商品性质时的市场评估地价补缴地价。
生产经营性历史违建缴纳罚款后可确认为非商品性房地产
生产经营性历史违建，按照下列规定缴纳罚款、地价后，确认为非商品性质房地产：
(一)对原农村集体经济组织或者其继受单位按照建筑面积每平方米罚款10元，位于原农村非农建设用地红线内的免缴地价，位于原农村非农建设用地红线外的按照公告基准地价的25%缴纳地价;
(二)对原村民、其他企业单位或者非原村民按照建筑面积每平方米罚款30元，按照公告基准地价的50%缴纳地价。
商业、办公类历史违建，按照下列规定缴纳罚款、地价后，确认为非商品性质房地产：
(一)对原农村集体经济组织或者其继受单位按照建筑面积每平方米罚款10元，位于原农村非农建设用地红线内的免缴地价，位于原农村非农建设用地红线外的按照公告基准地价的25%缴纳地价;
(二)对原村民、其他企业单位或者非原村民按照建筑面积每平方米罚款30元，按照公告基准地价缴纳地价。
历史违建位于原农村非农建设用地红线外的，按照下列规定办理：
(一)可以调整至原农村非农建设用地红线内或者扣减非农建设用地、征地返还用地指标的，按照位于原农村非农建设用地红线内的标准缴纳地价;
(二)不能调整或者未扣减非农建设用地、征地返还用地指标的，但属于占用未完善征转地手续的用地的，应当完善征转地手续后，按照本办法相关规定缴纳地价，政府不再支付征转地补偿款。
历史违建占地跨越原农村非农建设用地红线的，按照红线内外各自占地面积分别计算应缴纳地价。
历史违建按照本办法以扣减征地返还用地指标方式处理的，征地返还用地折算的比例按照我市有关规定执行。
历史遗留违法建筑处理确认的罚款、地价标准
备注：1.本表罚款和地价标准均指建筑面积每平方米;
2.本表所称补缴地价包括两种情形：一是直接办理商品性质时所需缴纳的相关地价;二是非商品性质房地产在转为商品性质时，按照第一种情形缴纳的地价扣除直接办理非商品性质时缴纳地价的差额部分。
