【导语】：灵芝站开往赤湾方向站的首班车在06:12发出，开往黄贝岭方向站的首班车在06:23发出。
运营时刻表
运营时刻表(工作日)
| 行驶方向 | 首班车 | 末班车 | 所属线路 | 高峰间隔 | 平峰间隔 |
| 赤湾 | 06:12 | 23:57 | 5号线 | 3分钟 | 5分25秒 |
| 黄贝岭 | 06:23 | 23:24 | 5号线 | 3分钟 | 5分25秒 |
运营时刻表(休息日)
| 行驶方向 | 首班车 | 末班车 | 所属线路 | 高峰间隔 | 平峰间隔 |
| 赤湾 | 06:07 | 23:56 | 5号线 | 4分钟 | 6分钟 |
| 黄贝岭 | 06:31 | 23:24 | 5号线 | 4分钟 | 6分钟 |
运营时刻表(节假日)
| 行驶方向 | 首班车 | 末班车 | 所属线路 | 高峰间隔 | 平峰间隔 |
| 赤湾 | 06:07 | 00:56 | 5号线 | 4分钟 | 6分钟 |
| 黄贝岭 | 06:31 | 00:24 | 5号线 | 4分钟 | 6分钟 |
站点出口信息
（图源深圳地铁）
灵芝站位于创业二路与前进一路交叉口，现沿前进一路呈西北向东南方向分布，可与既有5号线换乘。车站共设置了四个物业疏散口(1号、2/3号、4号、5/6号)其中1号、2/3号、5/6号物业疏散口设垂梯，以及5个出入口(A2、C2、D、E、F)。
A2出入口
位于创业二路与前进一路交叉口东南侧，近裕安花园。
C2出入口
位于创业二路与前进一路交叉口西北侧，近玖悦雅轩。
D出入口
位于前进一路北侧。
E出入口
位于前进一路南侧，近深圳市宝安中医院。
F出入口
位于创业二路与前进一路交叉口西南侧。
(以实际运营为准)
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